ABPSE: Alineador de ADN Basado en Paralelismo a Nivel de Bit y la Estrategia Siembra y Extiende / ABPSE: DNA Aligner Based on Bit-level Parallelism and the Seed and Extend Strategy

Resumen La alineación de ADN es un proceso clave para la reconstrucción de genomas, a partir de los millones de lecturas cortas producidas por las máquinas de secuenciación paralela masiva. Tal proceso suele realizarse mediante algoritmos con elevada complejidad espacial y temporal, requiriendo varias horas para entregar los resultados, así como decenas de GB de RAM. Esto ha motivado la búsqueda de nuevos algoritmos y/o estrategias que permitan disminuir los tiempos de ejecución, mientras se utilizan recursos mínimos de memoria. En este artículo se presenta ABPSE, un nuevo alineador de ADN que combina el algoritmo de Ferragina y Manzini (o índices de FM) y el algoritmo de Myers, mediante la estrategia siembra y extiende. En la siembra, los índices de FM permiten calcular de manera rápida regiones con alta probabilidad de alineación; mientras que en la extensión, el algoritmo de Myers refina la alineación utilizando operaciones basadas en vectores de bits, calculando simultáneamente varias celdas de la matriz de programación dinámica. Los resultados muestran un 96.1% de lecturas alineadas correctamente, un factor de aceleración de 2.45x en relación a BWA-SW y un uso de memoria de apenas 7.6 GB, cuando se alinea el genoma humano completo.

Abstract DNA alignment is a key process in the assembly of genomes from the millions of short reads that are produced by massive parallel sequencing machines. Such a process is usually done by means of high spatial and temporal complexity algorithms, which takes hours to deliver the results as well as tens of GB of RAM. This has prompted the search for new algorithms and/or strategies that allow shorter runtimes, while using minimal memory footprint. In this article, we present ABPSE, a new DNA aligner that combines the Ferragina and Manzini algorithm (or FM indexes) and the Myers algorithm, by means of the seed and extend strategy. In the seeding, the FM indices allow a rapid calculation of the regions with high probability of alignment. In the extension, the Myers algorithm refines the alignment using operations based on bit vectors. It simultaneously calculates several cells of the dynamic programming matrix. The results show 96.1% of correctly aligned reads, an acceleration factor of 2.45x in relation to BWA-SW and a memory footprint of only 7.6 GB when aligning the entire human genome.

Influencia del pH en las relaciones microbianas de la cavidad bucal: revisión bibliográfica / Influence pH on the oral cavity microbial relations: literature review

El pH es el grado de acidez de una solución. En cavidad bucal, el pH define diferentes sucesos tanto bioquímicos como microbiológicos, entre los factores que ejercen influencia en todos estos eventos intrabucales encontramos: 1) capacidad buffer salival, la saliva no estimulada es de pH ligeramente ácido, la saliva estimulada posee pH básico. 2) carbohidratos exógenos. 3) bacterias acidógenas de la biopelícula dental, las cuales coexisten en microambientes altamente organizados, pudiendo metabolizar rápidamente ciertos azúcares a glucanos y productos finales ácidos. 4) agentes químicos, tales como hidróxido de calcio, el cual libera iones hidroxilos al medio, alcalinizándolo y haciéndolo no viable para el metabolismo bacteriano; clorhexidina, antiséptico de gran sustantividad, activo en bacterias Gram positivas y Gram negativas; fluoruros, que exhiben capacidad de inhibición metabólica, mecanismo antiadherente, producción de cambios en la carga superficial del diente. 5) azúcares alcoholes edulcorantes (xilitol), presenta la propiedad de retardar el flujo metabólico de ciertas bacterias cariogénicas.

pH is the acidity of a solution. In oral cavity, pH defines different events both biochemical and microbiological, factors that influence these intraoral events are: 1) salivary buffer capacity, unstimulated saliva is slightly acidic, stimulated saliva has basic pH. 2) exogenous carbohydrates. 3) acidogenic bacteria of dental biofilm , which coexist in highly organized microenvironments , can rapidly metabolize some sugars to glucans and acidic end products . 4) chemical agents, such as calcium hydroxide , which releases hydroxyl ions to the medium, and makes it non viable for bacterial metabolism; chlorhexidine antiseptic with high substantivity , active in Gram positive and Gram negative bacteria; fluorides exhibit metabolic inhibition capacity, antiadherent mechanism, production of changes in the surface charge of the tooth. 5) Sweeteners sugar alcohols (xylitol), has the property of retarding certain metabolic flux of cariogenic bacteria.

Síndrome de boca ardiente y saliva / Burning mouth syndrome and saliva

El síndrome de Boca Ardiente (SBA) se caracteriza por ardor, picor, escozor y dolor bucal sin causa orgánica que lo justifique. La boca ardiente aún es un desafío en el campo de la medicina. Su etiología es desconocida, a pesar de que diversos estudios indican que intervienen una serie de factores locales, sistémicos y psicológicos que se consideran como posibles agentes causales. La saliva puede desempeñar un papel importante en la sintomatología del ardor bucal, presenta propiedades físicas y químicas (reológicas) que determinan funciones imprescindibles para el equilibrio de la cavidad bucal. En pacientes con boca ardiente hay cambios en la composición y tasa del flujo salival relacionados con boca seca, viscosidad, ardor bucal, humedad entre otros. En esta revisión se trata de actualizar varios aspectos que relacionan las distintas causas del síndrome de boca ardiente con la saliva y sus alteraciones como uno de los factores más importantes en la etiología del ardor bucal. Estudios recientes sugieren que el ácido alfa lipoico combinado con gabapentina es un tratamiento efectivo para este síndrome

Burning mouth syndrome is characterized by burning, smarting and oral pain without any organic cause justifying it. Burning mouth is still a challenge in medical field. It has an unknown aetiology; despite many studies indicate the involvement of local, systemic and psychological factors that can be considered possible causal agents. Saliva can perform an important role in oral smarting symptomatology, shows physico-chemical properties (rheological) determining vital functions for oral cavity equilibrium. There are changes in composition and salivary flow rate of burning mouth patients, related with dry mouth, viscosity, oral smarting, and humidity, among others. This review pretends to update many aspects that relate different causes of burning mouth syndrome with saliva and its alterations as one of the most important factors in the aetiology of oral smarting. Recent studies suggest that alpha lipoic acid combined with gabapentin is an effective treatment for this syndrome

Virus de papiloma humano y cáncer bucal / Human papiloma virus and buccal cancer

Los virus del papiloma humano (VPH), son virus ADN de doble cadena helicoidal, epiteliotrópicos que producen lesiones verrugosas en piel y mucosas. Algunas evidencias indican que ciertos tipos específicos de estos virus son necesarios pero no totalmente suficientes para ocasionar la transformación maligna, debido a que requieren algunas acciones sinérgicas de otros eventos iniciadores. Existen más de 230 tipos de VPH, 118 tipos están bien caracterizados, más de 40 tipos anogenitales, de los cuales 15 de ellos son oncogénicos; y en humanos constituyen uno de los grupos virales más frecuentes que infectan el epitelio de piel y mucosas: conjuntivas, cavidad bucal, laringe, árbol traqueobronquial, esófago, vejiga, ano y tracto genital. El examen clínico de la boca y sus anexos, constituye el paso inicial para la detección de una infección por este virus. El examen histológico revela el cambio morfológico y patognomónico más relevante de la infección por VPH, las células coilocíticas; las técnicas moleculares, como la Reacción en Cadena de la Polimerasa, la Hibridación in situ, entre otras, están basadas en la detección del genoma del virus. El VPH puede asociarse a distintos agentes físicos y químicos que promueven el desarrollo del carcinoma bucal, siendo los tipos (16, 18, 31, 32, 33 y 35) potencialmente oncogénicos. Esta revisión se propone analizar los diferentes tipos de VPH asociados con lesiones malignas de la cavidad bucal

Human papillomaviruses (HPV) are epitheliotropic and double-helix stranded DNA viruses, which produce warty lesions in mucosae and skin. A bigger amount of evidence suggests that specific types of viruses are necessary but not enough to produce the malignant transformation, also it´s necessary the synergistic action of other indicators. There are more than 230 types of HPV, 118 types are well characterized, more than 40 types anus genital, 15 of them have an oncogenic potential; in humans constitutes one of the most frequent viral groups infecting skin epithelium and mucosae: conjunctives, oral cavity, tracheo-bronchial tree, esophagus, bladder, anus and genital tract. Clinical exam of the mouth and its annexes constitutes the initial step for the detection of an infection by this virus. Histological exam reveals morphological and pathognomonic most relevant changes of HPV infection, koilocytes; molecular techniques such as Polimerase Chain Reaction, in situ hybridization, among others, are based in the detection of virus genome. HPV can act with different types of physical and chemical agents that promote the development of oral carcinoma being (16, 18, 31, 32, 33 y 35) HPV´s potentially oncogenic. This review analyzes the different types of HPV associated with malignant lesions of oral cavity

Adenomas hipofisarios en adolescentes / Pituitary adenomas in adolescence

Presentamos una serie de 48 pacientes (de 14 a 20 años) con adenoma hipofisario. De éstos, 46 (96 por ciento) presentaban tumores secretantes, 3 enfermedad de Cushing, 9 somatotrofinomas y 34 (29 mujeres y 5 hombres) prolactinomas. Treinta casos fueron diagnosticados como adenomas intraselares (62 por ciento) mientras los restantes 18 (38 por ciento) presentaron expansión extraselar. De los 9 pacientes acromegálicos, 7 desarrollaron bioquímica y clínica típica de la enfermedad mientras 2 fueron exclusivamente diagnosticadas con niveles de GH basales normales, pero pruebas dinámicas anormales. Los prolactinomas fueron no invasivos en mujeres y de crecimiento rápido y de mayor tamaño en hombres. Cuarenta y siete pacientes fueron sometidos a cirugía. Cinco de ellos requirieron craneotomía y el resto fueron abordados por víatranseptoesfenoidal (TSE). Se consiguió remisión de la enfermedad de Cushing, acromegalia y prolactinoma intraselar femeninos. Los resultados en tumores mayores tales como los adenomas no secretantes y prolactinomas masculinos fueron malos luego de haber sido tratados mediante una resección subtotal y los disturbios endocrinológicos persistieron. Nuestros hallazgos demuestran que estos tumores son más agresivos en los jóvenes que en los adultos. Como hubo una estrecha relación entre el tamaño del tumor, su invasividad y el resultado final del paciente, concluímos que el diagnóstico temprano y el tratamiento son esenciales. Las frecuentes consultas de adolescentes tales como menstruaciones irregulares, retraso puberal y alteraciones de crecimiento deberían ser investigadas cuidadosamente y no simplemente consideradas como hechos transitorios o funcionales

Tratamiento del escleroma respiratório con ciclofosfamida y tetraciclinas / Treatment of respiratory scleroma with cyclophosphamide and tetracyclines

Se realiza un estudio comparativo con dos grupos de pacientes portadores de escleroma respiratorio. Un grupo fue tratado con el esquema tradicional tetraciclinas durante seis meses, y el otro, con la combinación de tetraciclinas más ciclofosfamida durante diez meses, por ciclos de diez días cada uno, tomándose biopsias de control al inicio del tratamiento, a los seis meses, y al término del mismo. Los resultados fueron satisfactorios en el grupo de pacientes en que se utilizó la combinación ciclofosfamida más tetraciclinas, con un porcentaje de curación del 91.6%, y una diferencia estadísticamente significativa con el grupo tratado con tetraciclinas, sin haberse encontrado complicaciones hasta el momento del presente reporte por el uso de la ciclofosfamida

Heridas toracicoabdominales: morbimortalidad en 130 operados. / Thoracico-abdominal wounds: morbimortality in 130 surgical patients

Se estudian 130 heridas penetrantes toracicoabdominales en 6 hospitales generales de la ciudad de La Habana, en un periodo de cinco anos (1977-1981). Las heridas por objetos punzantes predominaron sobre las de fuego en proporcion de 3 a 1. El 51,85% penetraron por el hemitorax izquierdo, el 41,48% por el hemitorax derecho y el 6,67% por el abdomen. Las dos terceras partes de ambos tipos de arma penetraron por el 7mo., 8vo. y 9no. espacio intercostal (67,69%). El 47,69 presentaron como manifestacion clinica relevante, el estado de shock. El 25,38% de los lesionados se operaron a las doce o mas horas de llegar al hospital. El higado se lesiono en la mitad de los casos (50%), los pulmones en la tercera parte (32,30%) y el estomago en algo mas de la cuarta parte (25,38%). Hubo una mortalidad global de 18,46, predominando en las heridas por arma blanca (19,38%) sobre las de arma de fuego (15,62%)